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Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender


Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender


Wiley Schnellkurs 1. Aufl.

von: Röbbe Wünschiers

14,99 €

Verlag: Wiley-VCH
Format: EPUB
Veröffentl.: 14.07.2016
ISBN/EAN: 9783527805532
Sprache: deutsch
Anzahl Seiten: 256

DRM-geschütztes eBook, Sie benötigen z.B. Adobe Digital Editions und eine Adobe ID zum Lesen.

Beschreibungen

Die digitale Datenverarbeitung wird auch fur Lebenswissenschaftler immer wichtiger. Hier setzt dieser Schnellkurs an. Robbe Wunschiers erklart Ihnen, wie Sie mit Sequenz-, Struktur- und anderen Daten umgehen sollten. Er erlautert, wie Sie Linux als virtuelle Maschine installieren und wie Ihnen Linuxtools wie Sed oder die einfache Programmiersprache AWK bei der Datenanalyse helfen konnen. Au?erdem fuhrt er Sie knapp in weitere Bereiche ein, die Ihnen das digitale Leben erleichtern konnen: das Datenbanksystem MariaDB/MySQL, die Programmierumgebung R fur statistisches Rechnen und Datenvisualisierung, die Textsatzsprache LaTeX und einiges mehr. Ausgearbeitete Beispiele aus den Lebenswissenschaften und Ubungsaufgaben samt Losungen helfen Ihnen Ihr Wissen zu festigen und zu uberprufen. Auf der Webseite datenmassen.de finden sich alle Daten und Abbildungen zum Download.
Vorwort von Michael Bölker 13 Vorwort von Diethard Tautz 15 Vorwort des Autors 17 1 Einleitung 19 1.1 Was Sie über Bioinformatik wissen – sollten 19 1.2 Meine Leser 27 1.3 Notwendiges Vorwissen 28 1.4 Ziel des Buches 29 1.5 README 34 1.6 Was bedeutet was 35 I Vorbereiten 2 Lebenswissenschaften und Daten 37 2.1 Sequenzdaten 38 2.2 Strukturdaten 42 2.3 Andere Daten 42 3 Daten und Linux 43 3.1 Wer oder was ist Linux? 43 3.2 Installation einer virtuellen Maschine 44 3.3 Die Bash-Kommandozeile 50 3.4 Heimarbeit = Fernverbindung 57 3.5 Textdateien editieren 60 3.6 Textdateien anzeigen und analysieren 65 3.7 Reguläre Ausdrücke 68 3.8 Datenströme mit Sed bearbeiten 70 3.9 Spielen mit Daten 72 3.10 Software/Pakete verwalten 72 3.11 Übersicht der Bash-Befehle 74 4 Programmierung 77 4.1 Was wollen wir erreichen? 77 4.2 Schnellstart mit AWK 77 4.3 Wie geht es weiter? 92 II Arbeiten 5 Forensische Mikrobiologie – Was ist so schlimm an EHEC? 95 5.1 Hintergrund 95 5.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 96 5.3 Vorgehen 97 6 RNASeq und Biogas – Identifikation Biogas-produzierender Bakterien 103 6.1 Hintergrund 103 6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 104 6.3 Vorgehen 108 7 Vom Gen zum Methan – Expressionsdaten auf Stoffwechselkarten projizieren 117 7.1 Hintergrund 117 7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118 7.3 Vorgehen 119 8 Bio(t)error – Gefährliche Mutationen des H1N1-Schweinegrippevirus 127 8.1 Hintergrund 127 8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129 8.3 Vorgehen 136 9 Ebola – Detektion von Variation durch Resequenzierung 145 9.1 Hintergrund 145 9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 147 9.3 Vorgehen 154 III Veröffentlichen 10 Daten in die Datenbank 165 10.1 Warum nicht Excel? 165 10.2 MySQL und MariaDB 166 11 Daten beschreiben & darstellen mit R 187 11.1 Installation von R und RStudio 187 11.2 Erste Rechenübungen 189 11.3 Mit Graphiken interagieren 194 11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195 11.5 Daten aus und in Dateien laden 196 11.6 Daten aus MySQL importieren 199 11.7 Übersicht über die Daten gewinnen 201 11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205 11.9 Statistik 209 11.10 R in der Bash 213 11.11 Regression 213 11.12 Pakete installieren 217 11.13 Zusammenfassung der R-Befehle 218 12 Es allen zeigen 221 12.1 Texte mit LATEX erstellen 221 12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225 IV Antworten und Literatur 13 Antworten 243 Literaturverzeichnis 247 Index 251 Whitespace 255
Robbe Wunschiers studierte Biologie in Marburg und promovierte ebenda. Er habilitierte sich 2006 in Koln und arbeitete bis 2009 bei der BASF. Seit 2009 ist er Professor fur Biochemie und Molekularbiologie an der Hochschule Mittweida.

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