Details

<p>Vorwort von Michael Bölker 13</p> <p>Vorwort von Diethard Tautz 15</p> <p>Vorwort des Autors 17</p> <p><b>1 Einleitung 19</b></p> <p>1.1 Was Sie über Bioinformatik wissen – sollten 19</p> <p>1.2 Meine Leser 27</p> <p>1.3 Notwendiges Vorwissen 28</p> <p>1.4 Ziel des Buches 29</p> <p>1.5 README 34</p> <p>1.6 Was bedeutet was 35</p> <p><b>I Vorbereiten</b></p> <p><b>2 Lebenswissenschaften und Daten 37</b></p> <p>2.1 Sequenzdaten 38</p> <p>2.2 Strukturdaten 42</p> <p>2.3 Andere Daten 42</p> <p><b>3 Daten und Linux 43</b></p> <p>3.1 Wer oder was ist Linux? 43</p> <p>3.2 Installation einer virtuellen Maschine 44</p> <p>3.3 Die Bash-Kommandozeile 50</p> <p>3.4 Heimarbeit = Fernverbindung 57</p> <p>3.5 Textdateien editieren 60</p> <p>3.6 Textdateien anzeigen und analysieren 65</p> <p>3.7 Reguläre Ausdrücke 68</p> <p>3.8 Datenströme mit Sed bearbeiten 70</p> <p>3.9 Spielen mit Daten 72</p> <p>3.10 Software/Pakete verwalten 72</p> <p>3.11 Übersicht der Bash-Befehle 74</p> <p><b>4 Programmierung 77</b></p> <p>4.1 Was wollen wir erreichen? 77</p> <p>4.2 Schnellstart mit AWK 77</p> <p>4.3 Wie geht es weiter? 92</p> <p><b>II Arbeiten</b></p> <p><b>5 Forensische Mikrobiologie – Was ist so schlimm an EHEC? 95</b></p> <p>5.1 Hintergrund 95</p> <p>5.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 96</p> <p>5.3 Vorgehen 97</p> <p><b>6 RNASeq und Biogas – Identifikation Biogas-produzierender Bakterien 103</b></p> <p>6.1 Hintergrund 103</p> <p>6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 104</p> <p>6.3 Vorgehen 108</p> <p><b>7 Vom Gen zum Methan – Expressionsdaten auf Stoffwechselkarten projizieren 117</b></p> <p>7.1 Hintergrund 117</p> <p>7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118</p> <p>7.3 Vorgehen 119</p> <p><b>8 Bio(t)error – Gefährliche Mutationen des H1N1-Schweinegrippevirus 127</b></p> <p>8.1 Hintergrund 127</p> <p>8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129</p> <p>8.3 Vorgehen 136</p> <p><b>9 Ebola – Detektion von Variation durch Resequenzierung 145</b></p> <p>9.1 Hintergrund 145</p> <p>9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 147</p> <p>9.3 Vorgehen 154</p> <p><b>III Veröffentlichen</b></p> <p><b>10 Daten in die Datenbank 165</b></p> <p>10.1 Warum nicht Excel? 165</p> <p>10.2 MySQL und MariaDB 166</p> <p><b>11 Daten beschreiben & darstellen mit R 187</b></p> <p>11.1 Installation von R und RStudio 187</p> <p>11.2 Erste Rechenübungen 189</p> <p>11.3 Mit Graphiken interagieren 194</p> <p>11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195</p> <p>11.5 Daten aus und in Dateien laden 196</p> <p>11.6 Daten aus MySQL importieren 199</p> <p>11.7 Übersicht über die Daten gewinnen 201</p> <p>11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205</p> <p>11.9 Statistik 209</p> <p>11.10 R in der Bash 213</p> <p>11.11 Regression 213</p> <p>11.12 Pakete installieren 217</p> <p>11.13 Zusammenfassung der R-Befehle 218</p> <p><b>12 Es allen zeigen 221</b></p> <p>12.1 Texte mit LATEX erstellen 221</p> <p>12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225</p> <p><b>IV Antworten und Literatur</b></p> <p><b>13 Antworten 243</b></p> <p>Literaturverzeichnis 247</p> <p>Index 251</p> <p>Whitespace 255</p>

Robbe Wunschiers studierte Biologie in Marburg und promovierte ebenda. Er habilitierte sich 2006 in Koln und arbeitete bis 2009 bei der BASF. Seit 2009 ist er Professor fur Biochemie und Molekularbiologie an der Hochschule Mittweida.

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